El modelo pedagógico de EAFIT se inspiró en el de las universidades estadounidenses. En esos años, Estados Unidos promovió en Latinoamérica el programa Alianza para el Progreso, que favoreció los estudios en economía y administración para impulsar al sector privado y apoyar el desarrollo del sector público. De manera que no es casual que varias entidades estadounidenses (Syracuse University, Drexel Institute, Burlington Mills) apoyaran a EAFIT con profesores, asesorías, becas y material bibliográfico. Con esta primera institución, se firmó un convenio, que se ha renovado en el tiempo y que ha contribuido a impulsar el crecimiento de la Universidad y avanzar con una visión internacional que permea la formación.
Aunque EAFIT nació en un contexto de demandas de la sociedad colombiana y de la geopolítica internacional, desde temprano le apostó a un enfoque propio y novedoso de formación: estudios interdisciplinarios (1960), un Plan de Estudio y Trabajo que alternaba semestres académicos y de práctica (1961), un Laboratorio de Idiomas (1962) y un Centro de Investigaciones (1965). Así mismo, surgió la revista Temas Administrativos (1965), de gran acogida nacional, hoy día Revista Universidad EAFIT-Periodismo Científico. En 1963, se graduaron los primeros tecnólogos textiles e industriales y, en 1965, los primeros administradores eafitenses.
Sus primeros cursos se dictaron en una casa alquilada, ubicada entre las calles El Palo y La Playa, en el centro de la capital antioqueña. Allí, elegidos entre 200 aspirantes, 59 estudiantes provenientes de diferentes ciudades del país se acomodaron para iniciar el camino que años más tarde les otorgaría el título de administradores de negocios, los primeros graduados en Colombia. Pero la década de 1960 no solo dejó huella por hacer realidad el sueño de capacitar, en el ámbito nacional, líderes para el sector empresarial colombiano, sino que representó grandes logros para la Institución.
El proyecto de consolidar una universidad con diferentes programas que apoyarían el desarrollo colombiano llevó a la búsqueda de un espacio propio en el que se pudieran integrar la Escuela con el Instituto Tecnológico. En 1963 comenzaron las clases en un lote ubicado en el sector de La Aguacatala (sur de Medellín), sede desde la que EAFIT empezó su proceso de fortalecimiento y expansión.